它的内部管路设计滤芯前松后紧，由PP熔喷滤芯、颗粒碳、压缩碳、RO反渗透膜或超滤膜、后置活性炭，一般是此5级依次首尾相连组成。截留物沉积于滤芯内部，需要定期人工拆洗，以确保机器正常运作。另一类是更为先进的自洁式净水器，机内设计两条通道，增加了一条洗涤水通路，作为平常普通生活用水的洗涤水经过通路时对机内滤芯特别是膜滤芯的原水侧起到冲刷以达到自行清洁的作用，并利用开闭洗涤水龙头的瞬间即头尾两段本来就流掉的水将截留的污物及时并快速的排出，此结构设计得合理，省去人工拆洗的麻烦，免除机构本身的再次污染，同时，又降低了能耗费用。

也就是说对机器内部的所有滤芯都有一定的自行清洁功能；后者仅对其中一个滤芯进行冲洗而非整机。通俗的讲，自洁式净水器相当于在管路上安了垃圾处理器，污物随时清理出去，不在机内停留。